Covid-19 : L’université de Reims recherche des molécules contre le Covid19 Il faut viser les protéines stratégiques, comme celles qui permettent au virus de se dupliquer.

, dans le réseau de Christophe Juppin

Le chercheur Jean-Hugues Renault utilise l’intelligence artificielle pour trouver une nouvelle molécule capable de neutraliser le coronavirus. Le supercalculateur Romeo de la faculté des sciences de Reims est notamment mis à contribution.


Romeo, supercalculteur de l’université de Reims Champagne-Ardenne (Urca), s’apprête à tourner à plein régime contre le coronavirus. Il participe au programme HT-Covid initié par l’institut de chimie moléculaire de la faculté des sciences de Reims (ICMR). Le programme a été retenu par le CNRS pour participer à la lutte contre le Covid19.

«  Il y a trois moyens de lutter contre un virus : fabriquer un vaccin, trouver un médicament efficace dans la pharmacopée existante ou découvrir une nouvelle molécule capable de neutraliser le virus. Nous travaillons sur ce dernier moyen », explique Jean-Hugues Renault, chercheur responsable de l’ICMR et rédacteur du projet.

Pour trouver une nouvelle molécule capable de contrer un virus, il faut la tester. « On peut tester en vrai, c’est-à-dire dans un laboratoire de chimie ou de biologie. Cette méthode est lente. Même si les laboratoires sont équipés de robots, ils ne peuvent pas tester des milliers de molécules par jour. On peut aussi tester la molécule à l’aide d’un ordinateur. C’est ce que nous faisons  », poursuit le chercheur.

Le test nécessite d’entrer dans l’ordinateur la structure en trois dimensions de la molécule ainsi que la structure en 3D de sa cible. La cible pouvant être une ou plusieurs protéines indispensables au virus. « Il faut viser les protéines stratégiques, comme celles qui permettent au virus de se répliquer. Nous connaissons plusieurs protéines stratégiques du Covid19. À nous de trouver la molécule qui saura s’y accrocher ». L’ordinateur, par ses calculs, va indiquer quelles molécules seront capables de s’accrocher à la cible.

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« Il faut viser les protéines stratégiques, comme celles qui permettent au virus de se dupliquer. Nous connaissons plusieurs protéines stratégiques du Covid19 » explique Jean-Hugues Renault, chercheur responsable de l’ICMR et rédacteur du projet.

Avant même le début de l’épidémie, l’équipe de Jean-Hugues Renault avec celle d’Isabelle Villena, médecin au CHU et le groupe de Manuel Dauchez de l’unité de recherche Medyc ont développé un test par ordinateur qui permet d’évaluer les molécules sur plusieurs cibles à la fois. Il faut ajouter l’action d’un étudiant doctorant dont les résultats et la curiosité ont été les catalyseurs de cette histoire. « Ainsi nous pouvons pratiquer des tests à grande échelle. Au début, on s’est dit qu’on allait tester les 75 000 molécules de la chimiothèque nationale. C’était avant de collaborer avec les informaticiens du centre de calcul Romeo. Leur surperordinateur va nous permettre de tester entre 200 et 300 000 molécules. Les calculs doivent commencer dans les jours qui viennent  ».

Ce projet a la particularité d’avoir mobilisé d’autres équipes et d’autres surpercalculateurs en France. « J’ai écrit le dossier en quatre jours et quatre nuits, le CNRS nous a soutenu, le Grand Est a décidé de financer et tout le monde a répondu présents pour collaborer. C’est assez exceptionnel ».

C’est ainsi qu’une équipe de Strasbourg agit sur un mode un peu différent. «  Ils font la même chose en travaillant avec des molécules qui n’existent pas encore. Elles sont fabriquées par l’ordinateur mais pas n’importe comment. L’ordinateur est programmé pour ne fabriquer que des molécules réalisables et pouvant devenir des médicaments. Il ne servirait à rien de trouver quelque chose d’efficace qu’on n’arriverait pas à fabriquer  ». L’équipe strasbourgeoise a fabriqué 1,5 milliard de molécules à tester. « Eux ne testent que sur une seule cible stratégique du Covid19  ». Ils utilisent pour cela un grand frère de Romeo, à savoir le supercalculateur Cines de Montpellier.

Les deux équipes, à Reims et Strasbourg, devraient tirer de ces calculs plusieurs molécules capables de s’accrocher au virus. «  Strasbourg pourrait en tirer 500 et nous une centaine ». C’est alors une équipe de Marseille qui prendra le relais pour observer, en laboratoire, l’action des molécules sélectionnées. Partenaire du projet, le CHU de Reims, et notamment le service du virologue Laurent Andreolotti, va également tester certaines molécules directement sur le virus (sur des prélèvements, pas sur des patients). «  Si l’une d’elles parvient à neutraliser sa cible, il nous restera à ouvrir le champagne  ».

Il s’agit de recherche, rien n’est garanti. Jean-Hugues Renault indique qu’il ne veut pas donner de faux espoirs aux gens qui attendent un médicament fatal au virus, mais c’est un projet qui peut aboutir.

Des années de négligence

L’alerte avait été donnée par des scientifiques lors de l’apparition du Sars Cov 1 en Chine en 2002. « Il y avait nécessité de rechercher de nouvelles petites molécules originales capables de lutter contre ce type de virus. Nous manquions déjà de nouveaux antibiotiques et de nouveaux anti-viraux », déplore Jean-Hugues Renault. Cette recherche n’a pas été menée. Peut-être n’était-elle pas assez rentable, pas assez à la mode.

« Petit à petit, on s’est retrouvé incapable de lutter contre un tas de souches bactériennes, parasitaires ou virales ».

Quand le Sars Cov2 (notre Covid19) est arrivé, c’était trop tard. On s’est fait avoir.

« C’est dommage de ne pas avoir travaillé plus tôt car on constate, aujourd’hui, que les deux virus ont des zones stratégiques, donc des zones attaquables, communes. Il ne faudra pas reproduire la même erreur. L’institut de chimie du CNRS demande que la chimie soit réinvestie dans la recherche de nouvelles molécules anti-virales  ».

Publié le 11 mai 2020 sur https://www.investinreims.com

Publié le 06 mai 2020 sur https://abonne.lunion.fr/


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Philippe Odou @philippeodou · 14 mai 2020
Bravo à tous ceux qui ,à l’ @universitereims , sont engagés dans la lutte contre le covid 19
https://france3--regions-francetvinfo-fr.cdn.ampproject.org/c/s/france3-regions.francetvinfo.fr/grand-est/marne/reims/comment-universite-reims-s-implique-au-coeur-lutte-contre-coronavirus-1828294.amp
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Arnaud Renard @arnaudRenard08 · 15 mai 2020
Un projet validé par l’@AgenceRecherche, soutenu par @regiongrandest, hébergé par @CINES_FRANCE et @HPCromeo , porté par l’@universitereims et dans lequel de nombreux chercheurs travaillant ardamment ! Bravo à eux.
https://france3--regions-francetvinfo-fr.cdn.ampproject.org/c/s/france3-regions.francetvinfo.fr/grand-est/marne
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Stéphane Requena @s_requena · 15 mai 2020
En réponse à @sup_recherche et @AgenceRecherche
Belle complémentarité des supercalculateurs régionaux à @HPCromeo de @SCIENCES_URCA et nationaux au @CINES_FRANCE de @Genci_fr ! Chercheurs #COVID19 intéressé(e)s contactez nous ! @Inserm @institutpasteur
@INSB_CNRS @ird_fr @INRAE_France @APHP @institut_curie @Reseau_Carnot
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Invest in Reims @investinreims · 11 mai 2020
L’université de #Reims recherche des molécules contre le #covid19 grâce à l’intelligence artificielle #IA et le supercalculateur Romeo
https://www.investinreims.com/articles/universite-reims-recherche-molecules-contre-covid19

Pour en savoir plus :

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- Les alliages de titane pour le médical
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- Symposium « Matériaux antimicrobiens », 19 septembre 2018, à Reims
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